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画像拝見しました。
水洗いできますので、衛生的にはリフレッシュできると思います。ご指摘のようにシミ部分の革は凹状に縮みが出ているようです。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　水洗いと色補正で同色になりますが、革表面の凹は改善が見込めませんので根本的な改善は、革の交換になると思います。
同じようなシボの革を探すところからになりますが、業者さんがお持ちでない場合はご用意できないこともあり、近い風合いの革になる事もあります。その為、一度購入されたお店にご相談されても良いかもしれません。